Koulutus

Koulutus lisää tietoa FinnGen-tutkimushankkeesta ja tutustuttaa FinnGenin toimintaperiaatteisiin ja tieteelliseen suunnitelmaan. Koulutuksessa käydään läpi FinnGen organisaationa, tietoaineiston saatavuus ja rakenne, sekä tutkimushankkeen asema kansallisella sekä kansainvälisellä tasolla. Koulutukseen osallistunut osaa kertoa mikä on FinnGen-tutkimushanke ja -tietoainesto. Koulutus järjestetään Zoomin välityksellä etänä ja on avoin kaikille FinnGenistä kiinnostuneille eikä vaadi Varha, UTU, tai Auria affiliaatiota. Ilmoittautuminen Turun yliopiston henkilöstökoulutuskalenterin kautta (UTUlaiset) tai  ilmoittautumislinkistä (UTU ja Muut). Ilmoittautuminen aukeaa aina kuukausi ennen tilaisuutta.

Koulutuksen kieli on suomi tai englanti.

Toteutuneet ja tulevat koulutukset:
27.01.2025
25.08.2025
26.01.2026
31.08.2026
25.01.2027

Koulutukseen osallistunut osaa kertoa mitä ovat FinnGenin vihreä aineisto sekä vihreät työkalut, ja osaa käyttää niitä omassa tutkimustyössään. Osallistujalta vaaditaan Varha, UTU, tai Auria affiliaatio. Koulutuksen yhteydessä jokaiselle osallistujalle haetaan FinnGen käyttäjätunnus, joka on maksuton. Koulutus pidetään Zoomin välityksellä etänä ja kestää 2+2 tuntia; vihreän aineiston ja työkalujen opettaminen (2) ja työkalujen demonstraatiot (2). Koulutukseen ilmoittaudutaan Turun yliopiston henkilöstökoulutuskalenterin (UTU) tai ilmoittautumislinkkien (UTU, Varha, Auria) kautta. Ilmoittautuminen aukeaa kaksi kuukautta ennen tilaisuutta.

Koulutuksen kieli on suomi tai englanti.

Toteutuneet ja tulevat koulutukset:
24.02.2025
29.09.2025
23.02.2026
28.09.2026
22.02.2027

Koulutuksen tavoite on tutustuttaa FinnGenin sandbox-ympäristöön ja punaiseen tietoaineistoon.
Koulutukseen osallistunut osaa kertoa mistä punainen aineisto rakentuu ja mikä on sandbox-ympäristö ja osaa hakea punaisen aineiston analysoimiseen tarvittavia käyttöoikeuksia. Tämän lisäksi, koulutukseen osallistunut osaa laatia FinnGen analysis proposal -suunnitelman omien tutkimustulostensa julkaisemista varten. Osallistujalta vaaditaan Varha, UTU, tai Auria affiliaatio. Lisäksi koulutukseen osallistuvalla olisi hyvä olla FinnGen käyttäjätunnus sekä sandbox-oikeudet jo etukäteen, mutta nämä voidaan hakea myös koulutuksen yhteydessä. Koulutus kestää 2+2 tuntia ja pidetään etänä Zoomin välityksellä. Kaksi tuntia käytetään punaisen datan rakenteen ja kaksi tuntia Sandbox-ympäristön opettamiseen. Koulutukseen ilmoittaudutaan Turun yliopiston henkilöstökoulutuskalenterin (UTU) tai ilmoittautumislinkkien (UTU, Varha, Auria) kautta. Ilmoittautuminen aukeaa kolme kuukautta ennen tilaisuutta.

Koulutuksen kieli on suomi tai englanti.

Toteutuneet ja tulevat koulutukset:
24.03.2025
27.10.2025
30.03.2026
26.10.2026
29.03.2027

Koulutuksen tavoite on opettaa käyttämään Sandbox-ympäristön yleisimpiä työkaluja: Atlas, Cohort Operations Tool, Pipeline, Genotype Browser, PGS Browser. Lisäksi demonstroidaan R, python, SQL, ja UNIX ohjelmointikieliä raakadatan analysoimiseen ja annetaan lähdemateriaali näiden ohjelmointikielien itseopiskeluun. Koulutukseen osallistunut osaa toteuttaa itse Sandboxissa erilaisia rekisteri- ja geenitutkimuksia, tuntee FinnGenin aineiston hakemistorakenteen, ja ladata tulokset Sandboxista omalle työkoneellensa ja julkaista FinnGenin periaatteiden mukaisesti. Osallistujalta vaaditaan Varha, UTU, tai Auria affiliaatio. Lisäksi vaaditaan FinnGen Red tunnukset harjoitustehtäviin osallistumiseksi. Red-tunnusten hakemuslomake ja ohjeet lähetetään ilmoittautuneille ennen koulutusta.

Koulutus järjestetään hybridinä eli kontakti- ja etäopetuksena opetustilassa Kallo MED D2083. Kesto on 2 + 2 tuntia (luento + demonstraatiot) mikä sisältää harjoitustehtäviä. Koulutukseen ilmoittaudutaan Turun yliopiston henkilöstökoulutuskalenterin (UTU) tai ilmoittautumislinkkien (UTU, Varha, Auria) kautta. Ilmoittautuminen aukeaa kolme kuukautta ennen tilaisuutta.

Koulutuksen kieli on suomi tai englanti.

Toteutuneet ja tulevat koulutukset:
28.04.2025
24.11.2025
27.04.2026
30.11.2026
26.04.2027