My PhD journey

Completing a PhD degree can be a significant chapter of anyone’s life, one that teaches as much about the research process as it has about resilience, patience, and dedication. I came to Finland in 2016 and finished my Master’s degree in Biomedical Imaging at the Åbo Akademi. At that time, I was interested in neuroimaging, especially in understanding how early life experiences might shape the brain. I first learned about FinnBrain Birth Cohort Study through a lecture given by professor. Hasse Karlsson, the principal investigator of the group at that time. During his talk, I saw how their research was precisely aligned with my interests. After the lecture, I approached Hasse to discuss potential opportunities. He suggested that I could start with my master’s thesis and an internship in the group. This initial involvement paved the way for my PhD.

Conducting a PhD in Finland provided an environment that felt supportive, structured, and highly conducive to in-depth research. Unlike many countries where a single publication might suffice, here, PhD students often work on multiple articles. This allows for a more comprehensive approach, helping us build a portfolio of work that reflects a broader perspective on our research topic.

My primary research question centered around how maternal depression during pregnancy could influence brain development in newborns. Using MRI and diffusion tensor imaging (DTI), I focused on microstructural changes in the amygdala and hippocampus, regions closely tied to emotional regulation and stress responses.

We also explored how the diffusion properties of the amygdala relate to infants’ ability to perceive emotions. To do this, we incorporated an eye-tracking methodology, which allowed us to observe responses to happy, neutral, and fearful faces in newborns. The goal was to understand whether early brain development might set patterns for how emotional stimuli are processed.

A significant part of my research involved the manual segmentation of the subcortical structures in MRI scans—a process that took nearly two years to fully learn and complete. While the process was long it taught me the value of precision and diligence in research. Also, our effort paid off when the article on the manual segmentation protocol was selected as an Editorial Choice. Also the segmentations were used in publication of numerous valuable works.

A particular highlight of this journey was the PhD defense day, which was an unforgettable and truly unique experience. As my opponent, Dr. Predrag Petrovic, so beautifully said during the event, it is the only day in one’s life that is truly yours. The day felt special, because it was a moment of celebration, recognition, and reflection on all the years that led to that moment. It was a reminder of how transformative and rewarding the entire process has been.

If I were to describe my PhD experience in a few words, I would say it’s a constant balancing act of learning, refining, and persisting. Each phase of the process—whether it was running analyses, interpreting data, or writing up my findings—felt like a new challenge at first. There were periods where I felt overwhelmed, especially when trying to troubleshoot issues on my own or facing unexpected setbacks. Yet, in retrospect, those were the moments that made the journey meaningful, and they taught me the resilience that research demands.

Beyond the research, one of the most meaningful aspects of my PhD journey was the friendships I built along the way. Engaging with a diverse group of friends from different cultural and academic backgrounds enriched my experience in countless ways.

With my PhD completed, I am now looking forward to continuing my research as a postdoctoral researcher within the Stress and Resilience subgroup at the FinnBrain Birth Cohort Study. I’ll be looking into how early adverse experiences may affect brain development and stress resilience in children. I am also interested in exploring biological markers, like telomere length, to better understand the impact of stress at the cellular level.

I feel grateful for the support and resources I received throughout my time at the FinnBrain. It has been an enriching experience, both personally and professionally.

Niloofar Hashempour
PhD, Senior researcher

Käännös Microsoft Copilot/Saija Tarro:

Väitöskirjan tekeminen voi opettaa yhtä paljon tutkimusprosessista kuin sinnikkyydestä, kärsivällisyydestä ja omistautumisesta.

Saavuin Suomeen vuonna 2016 ja suoritin maisterintutkinnon biolääketieteellisessä kuvantamisessa Åbo Akademissa. Tuolloin olin kiinnostunut aivokuvantamisesta, erityisesti siitä, miten varhaiset elämänkokemukset voivat muokata aivoja. Kuulin ensimmäisen kerran FinnBrain syntymäkohorttitutkimuksesta professori Hasse Karlssonin luennolla. Hänen puheensa aikana huomasin, kuinka heidän tutkimuksensa oli tarkalleen linjassa omien kiinnostuksen kohteideni kanssa. Luentonsa jälkeen lähestyin Hassea keskustellakseni mahdollisista yhteistyömahdollisuuksista. Hän ehdotti, että voisin aloittaa tekemällä pro gradu -tutkielmani ja harjoittelun ryhmässä. Tämän prosessin kautta avautui tie väitöskirjatutkimukselleni.

Väitöskirjaprosessi Suomessa oli rakenteeltaan suotuisa ja ympäristö tuki syvällistä tutkimusta. Toisin kuin monissa maissa, joissa yksi julkaisu saattaa riittää, täällä väitöskirjatutkijat työskentelevät usein useiden artikkelien parissa. Tämä mahdollistaa kattavamman lähestymistavan ja auttaa tutkijaa rakentamaan portfolion, joka heijastaa laajempaa näkökulmaa tutkimusaiheesta.

Pääasiallinen tutkimuskysymykseni keskittyi siihen, voiko äidin masennus raskauden aikana olla yhteydessä vastasyntyneiden aivojen kehitykseen. Käyttämällä magneettikuvantamismenetelmiä keskityin mikrotason rakennemuutoksiin mantelitumakkeessa ja hippokampuksessa, alueilla, jotka liittyvät läheisesti tunteiden säätelyyn ja stressireaktioihin.

Tutkin myös, miten mantelitumakkeen diffuusio-ominaisuudet liittyvät vauvojen kykyyn havaita tunteita. Tätä varten käytimme silmänliikeseurantamenetelmää, joka mahdollisti vastasyntyneiden reaktioiden tarkkailun iloisiin, neutraaleihin ja pelokkaisiin kasvoihin. Tavoitteena oli ymmärtää, voisiko varhainen aivojen kehitys asettaa kaavoja sille, miten emotionaalisia ärsykkeitä aivoissa käsitellään.

Merkittävä osa tutkimuksestani oli segmentoida eli erotella aivokuoren alaisia rakenteita käsin magneettikuvantamisaineistosta. Tämä oli prosessi, jonka oppiminen ja suorittaminen kesti lähes kaksi vuotta. Vaikka prosessi oli pitkä, se opetti minulle tarkkuuden ja huolellisuuden arvon tutkimuksessa. Ponnistelumme palkittiin, kun tieteellinen artikkelimme manuaalisesta segmentointiprotokollasta nostettiin useiden artikkelien joukosta vuoden parhaimpien joukkoon. Segmentointeja on käytetty pohjana myös useissa muissa töissämme.

Erityinen kohokohta tällä matkalla oli väitöstilaisuus, joka oli unohtumaton ja todella ainutlaatuinen kokemus. Kuten vastaväittäjäni, tohtori Predrag Petrovic, niin kauniisti sanoi tilaisuuden aikana, se on ainoa päivä elämässä, joka on todella sinun. Päivä tuntui erityiseltä, koska se oli juhlan, tunnustuksen ja pohdinnan hetki kaikista niistä vuosista, jotka johtivat siihen hetkeen. Se muistutti minua siitä, kuinka muutosvoimainen ja palkitseva koko prosessi on ollut.

Jos minun pitäisi kuvata väitöskirjakokemustani muutamalla sanalla, sanoisin sen olevan jatkuvaa oppimisen, hiomisen ja sinnittelyn tasapainottelua. Jokainen prosessin vaihe – olipa kyseessä analyysien suorittaminen, datan tulkinta tai löydösten kirjoittaminen – tuntui aluksi uudelta haasteelta. Oli aikoja, jolloin tunsin itseni ylikuormittuneeksi, erityisesti yrittäessäni ratkaista ongelmia itse tai kohdatessani odottamattomia takaiskuja. Kuitenkin jälkikäteen ajateltuna, juuri nuo hetket tekivät matkasta merkityksellisen ja opettivat minulle tutkimuksen vaatimaa sinnikkyyttä.

Tutkimuksen lisäksi yksi väitöskirjamatkani merkityksellisimmistä puolista oli ystävyyssuhteet, joita rakensin matkan varrella. Yhteydenpito monipuoliseen ystäväjoukkoon eri kulttuurisista ja akateemisista taustoista rikastutti kokemustani lukemattomilla tavoilla.

Väitöskirjani valmistuttua odotan nyt innolla tutkimukseni jatkamista postdoc-tutkijana FinnBrain tutkimuksen Stressi ja resilienssi -osatutkimuksessa. Aion tutkia, miten varhaiset haitalliset elämänkokemukset voivat vaikuttaa lasten aivojen kehitykseen ja stressinsietokykyyn. Olen myös kiinnostunut tutkimaan biologisia markkereita, kuten telomeerien pituutta, ymmärtääkseni paremmin stressin vaikutusta solutasolla.

Olen kiitollinen saamastani tuesta ja resursseista. Tämä matka on ollut rikastuttava kokemus sekä henkilökohtaisesti että ammatillisesti.