Elektroforeesilaitteisto

Anna oppilaillesi mahdollisuus kokeilla DNA:n erittelyä oikeilla välineillä ja menetelmillä.

Geelielektroforeesia käytetään makromolekyylien, niiden palojen tai muiden varautuneiden molekyylien erotteluun koon tai varauksen perusteella. Geelin läpi johdettava sähkövirta vetää molekyylyejä mukanaan, pienimpiä tai vahvimmin varautuneita nopeiten. Tämän jälkeen on mahdollista tarkastella, kuinka pitkälle missäkin näytteessä olleet molekyylit liikkuvat ja vetää tämän perusteella johtopäätöksiä.

Tämä laitteisto on tarkoitettu etenkin lukion biologian ryhmille. Erityisen hyvin se sopii BI6:n sisältöihin ja tavoitteisiin.

Esittely

Tässä paketissa mukana on elektroforeesin ajamiseen ja tulosten tarkasteluun tarvittavien laitteistojen lisäksi myös materiaalit työn toteutusta varten. Nämä materiaalit pitävät sisällään agaroosin geelin valmistukseen, DNA-näytteet sekä puskuri- ja värjäysliuokset. Mukana on myös muut työn toteuttamiseen tarvitut välineet. Tarvitset koulun puolelta vain vettä, tavan kuumentaa vettä agaroosin liuottamista varten ja normaalit laboratoriosuojavälineet.

Tarjoamme materiaaleja kahta eri työtä varten. Toinen liittyy DNA-sormenjälkiin ja niiden hyödyntämiseen rikostutkinnassa. Toisessa tutkitaan sirppisoluanemiaa ja sen periytymistä. Molemmat perustuvat restriktioentsyymeillä katkottujen DNA-molekyylien pituuksiin. Eri alleelit katkeavat tai ovat katkeamatta eri kohdista, jolloin jäljelle jäävien DNA-kappaleiden pituus kertoo, mitä alleeleja henkilö kantaa.

Mitä töissä tehdään?

Molemmissa töissä käytännön tehtävät ovat samat. Ensin täytyy valmistaa agaroosigeeli, jolla ajo tehdään. Ajon puskuriliuos täytyy laimentaa, sillä se tulee tiivisteenä. Tarkkuutta ja näppäryyttä vaativin vaihe on valmiiden DNA-näytteiden pipetointi geelin kuoppiin. Näitä näytteitä on molemmissa tarjolla olevissa töissä kuusi. Ajon jälkeen seuraa geelin värjäys, ylimääräisen värin poisto ja viimeisenä geelillä näkyvien tulosten tulkinta.

Tarvittava aika

Työhön tarvittava aika riippuu siitä, mitkä työn osat tehdään tunnin aikana, ja mitkä on valmisteltu etukäteen tai tehdään tuntien välissä. Esimerkksi geelin, puskurointiliuoksen ja värin voi tehdä valmiiksi jo ennen tuntia.

Agaroosigeelin teko: n. 15 min

Geelin jähmettyminen: n. 20 min. Tämän aikana voi valmistaa puskurointiliuoksen valmiiksi.

Näytteiden pipetointi geelille: 2-10 min

Ajo: 20-45 min, riippuen käytetystä jännitteestä. Tämän aikana voi valmistaa värin valmiiksi.

Värjäys: 2-5 min

Ylimääräisen värin poisto: 5-20 min, pidemmät ajat tuottavat paremman tuloksen. Tämän voi jättää myös yön yli.

Mikäli haluatte harjoitella pipetointia etukäteen, se on myös mahdollista laitteiston mukana tulevan harjoitusgeelin koloihin. Tämä voi viedä lisäaikaa ennen varsinaisen työn aloittamista, tai sitä voi tehdä geelin jähmettymistä odotellessa, mikäli geeli valetaan luokassa tunnin aikana.

Aivan lopuksi aikaa kuluu tulosten tarkasteluun ja tulkintaan.

Ohjeet

Löydät laite- ja työsettivalmistajan malliversiot työohjeista näiden linkkien takaa: sirppisoluanemia, DNA-sormenjäljet.

Ohjeita mikropipetin käyttöön ja näytteiden pipetointiin elektroforeesigeelille löytyy esimerkiksi tältä videolta.

Huomioita

  • Säilytä DNA-näytteet jääkaapissa. 
  • Valmiita geelejä voi säilyttää jääkaapissa pari viikkoa. Säilytä ne kuivumisen estämiseksi ilmatiiviissä pussissa, johon on lisätty 1-2 ml puskurointiliuosta. Älä jäädytä. 
  • Värjäys olisi hyvä tehdä heti ajon jälkeen, mutta värin poiston voi jättää halutessaan tekeytymään esim. yön yli. Värjättyjä geelejä voi säilyttää värinpoistoliemessä jääkaapissa joitain viikkoja. Jos DNA-raidat haalistuvat, värjää geeli uudelleen. 

Paketin sisältö

Lainavälinepakettiin kuuluu: 

  • Elektroforeesilaitteisto (mahtuu kaksi 7×7 cm geeliä / yksi 7×14 geeli kerrallaan) 
  • Virtalähde 
  • Kaksi 7×7 cm geelikelkkaa ja yksi 7×14 cm geelikelkka (näistä voidaan lainata ne, joille on käyttöä) 
  • Päätykumit ja kammat kelkkaan 
  • Harjoitus”geeli” pipetoinnin harjoittelemiseen 
  • Mikropipetti ja vaihtopäitä 
  • 10 ml mittalasi 
  • Kertakäyttölautanen geelin värjäystä varten 
  • Agaroosi 
  • Puskurointiliuos 
  • Väriaine geelin värjäykseen 
  • Valmiit DNA-näytteet (säilytys jääkaapissa)
  • Valkovalolaite

 Koululla tulee olla: 

  • Tislattua vettä 
  • Vaaka, jonka tarkkuus on 0,01 g 
  • Mitta, jolla saa mitattua 10 ml tarkkuudella n. 400 ml määriä 
  • Vähintään 400 ml astia  
  • Vähintään 100 ml astia 
  • Kuumennusta kestävä astia, johon mahtuu vähintään 30 ml 
  • Sekoitusvälineitä 
  • Jokin väline, jolla geelilientä pystyy kuumentamaan (mikro, keittolevy tms.) 
  • Lämpömittari geeliliemen lämmön mittaamiseen 

Hinta

Koska työ vaatii elektroforeesilaitteiston lisäksi kuluvia materiaaleja, veloitamme materiaalien käytöstä niiden ostokuluja vastaavan hinnan.

Työpaketti maksaa 15 euroa / ajo.

Voit valita, montako ajoa haluat ryhmäsi kanssa tehdä – tekeekö koko luokka työn yhdessä, vai tehdäänkö se pienemmissä ryhmissä. Huomaathan, että laitteistoon mahtuu tekemään kaksi ajoa samaan aikaan. Mikäli teette työtä tätä useammassa ryhmässä, ajot täytyy tehdä peräjälkeen.

Kuinka saan elektroforeesilaitteiston lainaan?

VARAAMINEN: Lainauksesta sovitaan Matleena Tuomiston kanssa sähköpostitse: hemtuo@utu.fi. Katso alla olevasta kalenterista vapaita viikkoja, ja ehdota teille sopivaa aikaa ennen maksua. Laina-ajan pituus sovitaan tarpeen ja muiden lainausten mukaan aina tapauskohtaisesti.

MAKSU: Koska elektroforeesilaitteiston mukana tulee työtä varten tarvittavia aineita ja näytteitä, jotka työtä tehdessä kuluvat, veloitamme setin käytöstä näiden materiaalien hintaa vastaavan summan. Hinta on 15 euroa / ajo, ja pystyt maksaessasi valitsemaan, kuinka monta ajoa haluat luokkasi kanssa tehdä. Pääset maksamaan lainasi alla olevan järjestelmän kautta. Maksu tulee hoitaa ennen välineistön hakua tai postitusta. Sovithan launauksesta ennen maksamista!

TOIMITUS:

NOUTO YLIOPISTOLTA: Nouto/palautus tapahtuu sovittuun aikaan yliopistonmäeltä Aurum-rakennuksesta (kemian laitos), osoitteesta Henrikinkatu 2, 20500 Turku. Sisäänkäynti pääovista Henrikinkadun puolelta.

POSTITUS: Laatikot voidaan myös postittaa mihin päin Suomea tahansa. Tällöin vastaanottaja maksaa postimaksut. Käytämme postituksessa Postin helposti-koodia ja postitukseen pakettiautomaattia. Koodin voi tehdä ja maksaa helposti postin sivuilla TÄSTÄ, ja sitten ilmoittaa sen meille. Varauksen yhteydessä kerrotaan minkä kokoinen kaappi tarvitaan. Palautuksen saatte tehtyä myös helposti-koodilla. HUOM! Älä tee palautuskoodia ennen kuin palautusaika on varmistettu, ettei koodi ehdi vanhentua. HUOM2! Huomioithan, että DNA-näytteet vaativat jääkaappisäilytyksen. Haethan siis paketin mahdollisimman pian sen saapumisen jälkeen, ja laitat ne kylmään odottamaan käyttöä.

Maksa elektroforeesilaitteiston kuluvat kustannukset.

Valitse laina-ajan ensimmäinen maanantai, tai lainapäivien viikon maanantai.