Elektroforeesilaitteisto

Tässä paketissa mukana on elektroforeesin ajamiseen ja tulosten tarkasteluun tarvittavien laitteistojen lisäksi myös materiaalit työn toteutusta varten. Nämä materiaalit pitävät sisällään agaroosin geelin valmistukseen, DNA-näytteet sekä puskuri- ja värjäysliuokset. Mukana on myös muut työn toteuttamiseen tarvitut välineet. Tarvitset koulun puolelta vain vettä, tavan kuumentaa vettä agaroosin liuottamista varten ja normaalit laboratoriosuojavälineet.

Tarjoamme materiaaleja kahta eri työtä varten. Toinen liittyy DNA-sormenjälkiin ja niiden hyödyntämiseen rikostutkinnassa. Toisessa tutkitaan sirppisoluanemiaa ja sen periytymistä. Molemmat perustuvat restriktioentsyymeillä katkottujen DNA-molekyylien pituuksiin. Eri alleelit katkeavat tai ovat katkeamatta eri kohdista, jolloin jäljelle jäävien DNA-kappaleiden pituus kertoo, mitä alleeleja henkilö kantaa.

Molemmissa töissä käytännön tehtävät ovat samat. Ensin täytyy valmistaa agaroosigeeli, jolla ajo tehdään. Ajon puskuriliuos täytyy laimentaa, sillä se tulee tiivisteenä. Tarkkuutta ja näppäryyttä vaativin vaihe on valmiiden DNA-näytteiden pipetointi geelin kuoppiin. Näitä näytteitä on molemmissa tarjolla olevissa töissä kuusi. Ajon jälkeen seuraa geelin värjäys, ylimääräisen värin poisto ja viimeisenä geelillä näkyvien tulosten tulkinta.

Tarvittava aika

Työhön tarvittava aika riippuu siitä, mitkä työn osat tehdään tunnin aikana, ja mitkä on valmisteltu etukäteen tai tehdään tuntien välissä. Esimerkksi geelin, puskurointiliuoksen ja värin voi tehdä valmiiksi jo ennen tuntia.

Agaroosigeelin teko: n. 15 min

Geelin jähmettyminen: n. 20 min. Tämän aikana voi valmistaa puskurointiliuoksen valmiiksi.

Näytteiden pipetointi geelille: 2-10 min

Ajo: 20-45 min, riippuen käytetystä jännitteestä. Tämän aikana voi valmistaa värin valmiiksi.

Värjäys: 2-5 min

Ylimääräisen värin poisto: 5-20 min, pidemmät ajat tuottavat paremman tuloksen. Tämän voi jättää myös yön yli.

Mikäli haluatte harjoitella pipetointia etukäteen, se on myös mahdollista laitteiston mukana tulevan harjoitusgeelin koloihin. Tämä voi viedä lisäaikaa ennen varsinaisen työn aloittamista, tai sitä voi tehdä geelin jähmettymistä odotellessa, mikäli geeli valetaan luokassa tunnin aikana.

Aivan lopuksi aikaa kuluu tulosten tarkasteluun ja tulkintaan.

Ohjeet

Löydät laite- ja työsettivalmistajan malliversiot työohjeista näiden linkkien takaa: sirppisoluanemia, DNA-sormenjäljet.

Meidän tekemämme suomenkieliset tiivistelmät ohjeista löydät näiden linkkien takaa: sirppisoluanemia, DNA-sormenjälki. Näissä ohjeissa on yksinkertaisesti annettu työvaiheet ja jokaisessa vaiheessa tarvittavat välineet. Jos haluat kattavammat ja kuvalliset ohjeet, katso valmistajan englanninkieliset ohjeet.

Ohjeita mikropipetin käyttöön ja näytteiden pipetointiin elektroforeesigeelille löytyy esimerkiksi tältä videolta.

Huomioita

• Säilytä DNA-näytteet jääkaapissa. 
• Valmiita geelejä voi säilyttää jääkaapissa pari viikkoa. Säilytä ne kuivumisen estämiseksi ilmatiiviissä pussissa, johon on lisätty 1-2 ml puskurointiliuosta. Älä jäädytä. 
• Värjäys olisi hyvä tehdä heti ajon jälkeen, mutta värin poiston voi jättää halutessaan tekeytymään esim. yön yli. Värjättyjä geelejä voi säilyttää värinpoistoliemessä jääkaapissa joitain viikkoja. Jos DNA-raidat haalistuvat, värjää geeli uudelleen. 

Lainavälinepakettiin kuuluu: 

• Elektroforeesilaitteisto (mahtuu kaksi 7×7 cm geeliä / yksi 7×14 geeli kerrallaan) 
• Virtalähde 
• Kaksi 7×7 cm geelikelkkaa ja yksi 7×14 cm geelikelkka (näistä voidaan lainata ne, joille on käyttöä) 
• Päätykumit ja kammat kelkkaan 
• Harjoitus”geeli” pipetoinnin harjoittelemiseen 
• Mikropipetti ja vaihtopäitä 
• 10 ml mittalasi 
• Kertakäyttölautanen geelin värjäystä varten 
• Agaroosi 
• Puskurointiliuos 
• Väriaine geelin värjäykseen 
• Valmiit DNA-näytteet (säilytys jääkaapissa)
• Valkovalolaite

 Koululla tulee olla: 

• Tislattua vettä 
• Vaaka, jonka tarkkuus on 0,01 g
• Mitta, jolla saa mitattua 0,1 ml tarkuudella alle 1 ml määriä
• Mitta, jolla saa mitattua 10 ml tarkkuudella n. 400 ml määriä 
• Vähintään 400 ml astia  
• Vähintään 100 ml astia 
• Kuumennusta kestävä astia, johon mahtuu vähintään 30 ml 
• Sekoitusvälineitä 
• Jokin väline, jolla geelilientä pystyy kuumentamaan (mikro, keittolevy tms.) 
• Lämpömittari geeliliemen lämmön mittaamiseen 

Koska työ vaatii elektroforeesilaitteiston lisäksi kuluvia materiaaleja ja etenkin DNA-näytteet ovat kalliita, veloitamme materiaalien käytöstä niiden ostokuluja vastaavan hinnan.

Työpaketti maksaa 15 euroa / ajo.

Voit valita, montako ajoa haluat ryhmäsi kanssa tehdä – tekeekö koko luokka työn yhdessä, vai tehdäänkö se pienemmissä ryhmissä. Huomaathan, että laitteistoon mahtuu kaksi geeliä eli siinä mahtuu tekemään kaksi ajoa samaan aikaan. Mikäli teette työtä tätä useammassa ryhmässä, ajot täytyy tehdä peräjälkeen.

Laitteiston pelkältään saa lainaan ilmaiseksi.