Vaaran vuodet ja Konstanzin kirkolliskokous
Skisma jatkui useita vuosikymmeniä, ja välillä oli jopa kolme paavia samanaikaisesti. Konflikti ratkaistiin vasta vuonna 1417 Konstanzin kirkolliskokouksessa, jossa kirkon johtajat kokoontuivat ja pääsivät sopimukseen. Konsiilissa valittiin Martinus V koko katolisen kirkon paaviksi.
Lännen suurella skismalla oli vakavat seuraukset birgittalaisille. Usean paavin hallitessa samanaikaisesti Birgitan pyhimykseksi julistaminen, birgittalaisten luostarisääntö ja tärkeimmät privilegiot olivat Rooman paavin myöntämiä. Avignonin paavin kannattajat kyseenalaistivat Rooman päätökset. Epäsopu merkitsi, että lännen kirkon yhdistymisneuvotteluissa Konstanzin konsiilissa Birgitan ja birgittalaisten asema nousivat kriittisen tarkastelun kohteeksi.
Birgittalaiset lähettivät delegaatioita konsiiliin puolustamaan Birgittaa ja heidän luostarisääntönsä asemaa. Konsiilissa oli myös voimakkaita Birgittaa vastustavia kriitikoita, kuten kuuluisa ranskalainen teologi Jean Gerson (1363–1429). Samalla birgittalaisilla oli vahvoja tukijoita, kuten kuningas Eerik Pommerilainen (1381–1459), hänen puolisonsa kuningatar Filippa ja Filippan veli, Englannin kuningas Henrik V.
Kaksoisluostarit vasaran alla
Birgittalaiset onnistuivat säilyttämään Birgitan aseman pyhimyksenä sekä tärkeimmät privilegionsa, mutta paavi Martinus V kielsi birgittalaisten ja muiden järjestöjen kaksoisluostarimallin, jossa nunnat ja munkit elivät saman luostarin alueella. Tämä aiheutti vakavan kriisin birgittalaisille, sillä paavi käski birgittalaisveljien siirtyä ulos luostareistaan ja perustaa omat luostarinsa. Tätä määräystä ei kuitenkaan pantu täytäntöön, koska birgittalaisten edustaja Roomassa, järjestön prokuraattori Lucas Jacobi ja muut kannattajat puolustivat birgittalaista kaksoisluostarimallia.
Lopullinen ratkaisu asiaan saatiin vasta Baselin kirkolliskokouksessa vuonna 1436, jolloin uusi paavi Eugenius IV kumosi kaksoisluostareiden kiellon. Virallisen kiellon ollessa voimassa ei uusia birgittalaisluostareita perustettu lukuun ottamatta Munkalivin luostaria vuonna 1425 Bergenissä, Norjassa. Kiellon poistamisen jälkeen eri puolilla Eurooppaa alkoi uusi innostus birgittalaisluostareiden perustamiseen. Tähän perustamisaaltoon kuului myös Naantalin luostari, joka perustettiin Turun hiippakuntaan vuonna 1438.